MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 68347

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
6001	NC_017167	GC	3	6	260717	260722	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6002	NC_017167	GGA	2	6	260790	260795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6003	NC_017167	AGG	2	6	260905	260910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6004	NC_017167	CGG	2	6	260957	260962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6005	NC_017167	GA	3	6	261055	261060	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6006	NC_017167	GTA	2	6	261073	261078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6007	NC_017167	ACC	2	6	261228	261233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6008	NC_017167	GTT	2	6	261245	261250	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6009	NC_017167	CCT	2	6	261316	261321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6010	NC_017167	CG	3	6	261369	261374	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6011	NC_017167	GGT	2	6	261453	261458	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6012	NC_017167	CGT	2	6	261648	261653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6013	NC_017167	ACCG	2	8	261732	261739	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6014	NC_017167	GAAG	2	8	261852	261859	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6015	NC_017167	GAC	2	6	261874	261879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6016	NC_017167	AAG	2	6	261986	261991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384134054
6017	NC_017167	GCGA	2	8	262011	262018	25 %	0 %	50 %	25 %	384134054
6018	NC_017167	AG	3	6	262075	262080	50 %	0 %	50 %	0 %	384134054
6019	NC_017167	CGA	2	6	262127	262132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134054
6020	NC_017167	GCGA	2	8	262152	262159	25 %	0 %	50 %	25 %	384134054
6021	NC_017167	CGAG	2	8	262191	262198	25 %	0 %	50 %	25 %	384134054
6022	NC_017167	CCT	2	6	262304	262309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6023	NC_017167	AGGT	2	8	262314	262321	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6024	NC_017167	GCGT	2	8	262555	262562	0 %	25 %	50 %	25 %	384134055
6025	NC_017167	CTC	2	6	262570	262575	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384134055
6026	NC_017167	CG	3	6	262609	262614	0 %	0 %	50 %	50 %	384134055
6027	NC_017167	CG	3	6	262700	262705	0 %	0 %	50 %	50 %	384134055
6028	NC_017167	TTG	2	6	262723	262728	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384134055
6029	NC_017167	ACC	2	6	262752	262757	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384134055
6030	NC_017167	GCG	2	6	262772	262777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134055
6031	NC_017167	TGC	2	6	263017	263022	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134056
6032	NC_017167	CGA	2	6	263071	263076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134056
6033	NC_017167	TGCG	2	8	263118	263125	0 %	25 %	50 %	25 %	384134056
6034	NC_017167	GGCCGC	2	12	263213	263224	0 %	0 %	50 %	50 %	384134056
6035	NC_017167	GA	3	6	263241	263246	50 %	0 %	50 %	0 %	384134056
6036	NC_017167	GCG	2	6	263329	263334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134056
6037	NC_017167	GCTTC	2	10	263422	263431	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6038	NC_017167	TCT	2	6	263489	263494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6039	NC_017167	GAAA	2	8	263524	263531	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6040	NC_017167	TCA	2	6	263560	263565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384134057
6041	NC_017167	TCG	2	6	263686	263691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134057
6042	NC_017167	CTT	2	6	263732	263737	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134057
6043	NC_017167	GAA	2	6	263779	263784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384134057
6044	NC_017167	GCG	2	6	263792	263797	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134057
6045	NC_017167	ATC	2	6	263811	263816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384134057
6046	NC_017167	GGA	2	6	263959	263964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384134057
6047	NC_017167	ACG	2	6	263967	263972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134057
6048	NC_017167	GGC	2	6	264071	264076	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134057
6049	NC_017167	GCG	2	6	264108	264113	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134057
6050	NC_017167	TGC	2	6	264178	264183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134057
6051	NC_017167	CTC	2	6	264249	264254	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384134057
6052	NC_017167	ACC	2	6	264285	264290	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384134057
6053	NC_017167	GTATT	2	10	264320	264329	20 %	60 %	20 %	0 %	384134057
6054	NC_017167	GTA	2	6	264330	264335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134057
6055	NC_017167	GTT	2	6	264342	264347	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384134057
6056	NC_017167	GGC	2	6	264356	264361	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134057
6057	NC_017167	AG	3	6	264495	264500	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6058	NC_017167	CGA	2	6	264613	264618	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134058
6059	NC_017167	TGC	2	6	264772	264777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134058
6060	NC_017167	TGC	2	6	264841	264846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134058
6061	NC_017167	TGG	2	6	264853	264858	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134058
6062	NC_017167	TCCA	2	8	264886	264893	25 %	25 %	0 %	50 %	384134058
6063	NC_017167	CG	3	6	264901	264906	0 %	0 %	50 %	50 %	384134058
6064	NC_017167	CGG	2	6	264919	264924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134058
6065	NC_017167	CGG	2	6	264962	264967	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134058
6066	NC_017167	CGG	2	6	264971	264976	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134058
6067	NC_017167	TC	3	6	265013	265018	0 %	50 %	0 %	50 %	384134058
6068	NC_017167	GGC	2	6	265103	265108	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134058
6069	NC_017167	ATCGG	2	10	265153	265162	20 %	20 %	40 %	20 %	384134058
6070	NC_017167	TGG	2	6	265177	265182	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134058
6071	NC_017167	CTA	2	6	265238	265243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384134058
6072	NC_017167	GC	3	6	265309	265314	0 %	0 %	50 %	50 %	384134058
6073	NC_017167	CGG	2	6	265328	265333	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134058
6074	NC_017167	TTCTGT	2	12	265366	265377	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384134058
6075	NC_017167	TCG	2	6	265473	265478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134058
6076	NC_017167	TCGC	2	8	265527	265534	0 %	25 %	25 %	50 %	384134058
6077	NC_017167	GCGG	2	8	265566	265573	0 %	0 %	75 %	25 %	384134058
6078	NC_017167	CTT	2	6	265586	265591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134058
6079	NC_017167	TCG	2	6	265654	265659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134058
6080	NC_017167	TCGC	2	8	265708	265715	0 %	25 %	25 %	50 %	384134058
6081	NC_017167	TGC	2	6	265765	265770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6082	NC_017167	GC	3	6	265835	265840	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6083	NC_017167	GGGATG	2	12	265921	265932	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	384134059
6084	NC_017167	GGC	2	6	265984	265989	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134059
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6087	NC_017167	CGGT	2	8	266081	266088	0 %	25 %	50 %	25 %	384134059
6088	NC_017167	CGG	2	6	266095	266100	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134059
6089	NC_017167	GC	3	6	266119	266124	0 %	0 %	50 %	50 %	384134059
6090	NC_017167	GGT	2	6	266136	266141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134059
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6092	NC_017167	CG	4	8	266262	266269	0 %	0 %	50 %	50 %	384134059
6093	NC_017167	CTT	2	6	266272	266277	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134059
6094	NC_017167	CGTCAT	2	12	266331	266342	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384134059
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6097	NC_017167	GTC	2	6	266470	266475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134059
6098	NC_017167	TGA	2	6	266507	266512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134059
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6100	NC_017167	TCT	2	6	266619	266624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134059
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6103	NC_017167	GGAT	2	8	266707	266714	25 %	25 %	50 %	0 %	384134059
6104	NC_017167	CCT	2	6	266738	266743	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384134059
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6107	NC_017167	GGT	2	6	267019	267024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134060
6108	NC_017167	GC	3	6	267025	267030	0 %	0 %	50 %	50 %	384134060
6109	NC_017167	GC	3	6	267058	267063	0 %	0 %	50 %	50 %	384134060
6110	NC_017167	GC	3	6	267069	267074	0 %	0 %	50 %	50 %	384134060
6111	NC_017167	GTT	2	6	267082	267087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384134060
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6117	NC_017167	CGGCG	2	10	267259	267268	0 %	0 %	60 %	40 %	384134060
6118	NC_017167	CCCTG	2	10	267271	267280	0 %	20 %	20 %	60 %	384134060
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6122	NC_017167	GC	3	6	267454	267459	0 %	0 %	50 %	50 %	384134060
6123	NC_017167	TTC	2	6	267477	267482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134060
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6125	NC_017167	GC	3	6	267652	267657	0 %	0 %	50 %	50 %	384134061
6126	NC_017167	CAGGCG	2	12	267742	267753	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384134061
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6131	NC_017167	GGC	2	6	267976	267981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134061
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6133	NC_017167	CGT	2	6	268007	268012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134061
6134	NC_017167	GCC	2	6	268024	268029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134061
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6138	NC_017167	CGT	2	6	268265	268270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134061
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6141	NC_017167	GGC	2	6	268340	268345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6142	NC_017167	CGC	2	6	268505	268510	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134062
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6148	NC_017167	CG	3	6	268749	268754	0 %	0 %	50 %	50 %	384134062
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6200	NC_017167	GC	3	6	271363	271368	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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6251	NC_017167	GC	3	6	273303	273308	0 %	0 %	50 %	50 %	384134066
6252	NC_017167	GCAG	2	8	273329	273336	25 %	0 %	50 %	25 %	384134066
6253	NC_017167	CG	3	6	273468	273473	0 %	0 %	50 %	50 %	384134066
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6315	NC_017167	GCGCG	2	10	275918	275927	0 %	0 %	60 %	40 %	384134068
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6322	NC_017167	TCACG	2	10	276209	276218	20 %	20 %	20 %	40 %	384134068
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6328	NC_017167	GC	3	6	276419	276424	0 %	0 %	50 %	50 %	384134068
6329	NC_017167	GCT	2	6	276446	276451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134068
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6331	NC_017167	AGG	2	6	276517	276522	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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6333	NC_017167	TGT	2	6	276685	276690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384134069
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6337	NC_017167	GA	3	6	276882	276887	50 %	0 %	50 %	0 %	384134070
6338	NC_017167	CCGT	2	8	276889	276896	0 %	25 %	25 %	50 %	384134070
6339	NC_017167	GC	3	6	276900	276905	0 %	0 %	50 %	50 %	384134070
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6341	NC_017167	GC	3	6	276945	276950	0 %	0 %	50 %	50 %	384134070
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6353	NC_017167	GC	3	6	277341	277346	0 %	0 %	50 %	50 %	384134070
6354	NC_017167	CGG	2	6	277362	277367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134070
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6357	NC_017167	TCG	2	6	277490	277495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134070
6358	NC_017167	GAG	3	9	277510	277518	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384134070
6359	NC_017167	GC	3	6	277522	277527	0 %	0 %	50 %	50 %	384134070
6360	NC_017167	GCA	2	6	277548	277553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134070
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6362	NC_017167	GGGGA	2	10	277678	277687	20 %	0 %	80 %	0 %	384134070
6363	NC_017167	GGA	2	6	277740	277745	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384134070
6364	NC_017167	GCG	2	6	277756	277761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134070
6365	NC_017167	CGG	2	6	277821	277826	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134070
6366	NC_017167	GCG	2	6	277924	277929	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134070
6367	NC_017167	GC	3	6	277947	277952	0 %	0 %	50 %	50 %	384134070
6368	NC_017167	GAT	2	6	277986	277991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134070
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6495	NC_017167	TGG	2	6	285013	285018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134077
6496	NC_017167	TCT	2	6	285072	285077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134077
6497	NC_017167	CGG	2	6	285085	285090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134077
6498	NC_017167	AGCGG	2	10	285171	285180	20 %	0 %	60 %	20 %	384134077
6499	NC_017167	GC	3	6	285256	285261	0 %	0 %	50 %	50 %	384134077
6500	NC_017167	AGC	2	6	285280	285285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134077

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